Одна маленькая мысли про большую должность

В армии генерал не может командовать взводом. 

Ну смотря в какой армии.. В армии Сан-Марино 80 человек. И там есть генерал.

В чем проблема-то? :)

Как нам защититься от Генеральных Директоров компаний, состоящих из двух человек (второй - Главный Бухгалтер)? Формально - никак. Может, пустить в среду мысль о том, что это смешно? Вдруг поможет?

А надо защищаться? Кому? Если "изнутри" - то вроде некому. Если "извне" - проще простого - не имейте дел с такими, если опасаетесь. Главбух может вести несколько таких компаний - вы его нечасто видеть будете. Может просто название должности правильное выбрать? "Генеральный" - это когда много других директоров. А тут - просто директор. 

Как нам защититься от Генеральных Директоров компаний

А разве они нападают? В мелкой компании вообще может быть один сотрудник - учредитель, который выполняет функции бухгалтера (если компетенции позволяют) или он подписывает то, что ему приносит бухгалтер на аутсорсе, от своего имени.

Инкорпорирование в ООО может быть связано с защитой от требований третьих лиц, которой нет у ИП, но сам бизнес может вполне работать успешно. К тому же, из обычаев делового оборота, гендир - ожидаемый титул при подписании документов ООО, и другие форматы (например, управляющий-ИП) вызывают лишние вопросы.

В целом, нужно смотреть на конкретное лицо при принятии решений о работе с контрагентом, а не на табличку на стуле. "Бьют не по паспорту..."

Что в уставе при регистрации напишешь, то и будет. Но название должности "Генеральный директор" просто всем понятно - человек, принимающий окончательное решение и имеющий право юр. подписи.